Алексей Фофанов не получил полного среднего образования, после 7 класса ушел работать на лесосплав. С июня 1941 г. воевал на первом Украинском фронте.
Алексей Фофанов родился в семье сказителя народных былин. В девятнадцатилетнем возрасте поступил в кооперативный техникум Петрозаводска, где учился в течение 2 лет.
За оборону Краснограда Алексей Иванович получил орден – Красного знамени первую боевую награду. В ожесточенных боях взвод Фофанова уничтожил 9 вражеских орудий и сотню фашистских солдат. Фофанов – непосредственный участник обороны Москвы и зимнего подмосковного наступления. За успешные боевые действия ему было присвоено звание старшего лейтенанта. В 1942г. под Ржевом Алексей получил тяжелое ранение и несколько месяцев провел в военном госпитале. В составе девяносто первой танковой бригады Алексей Иванович форсировал Днепр и участвовал в освободительных операциях Киева и его окрестностей.
Танковая рота Фофанова первой въехала в Фастов, город областного значения, находящийся к юго-западу от Киева. В боях за освобождение Фастова в его танк угодил снаряд, и машина была выведена из строя. Но Фофанов не растерялся, сумел прямо во время сражения оперативно починить его и продолжить бой. В результате боевых действий противнику был нанесен непоправимый урон: убито 800 вражеских солдат, уничтожено 50 минометов, 14 пулеметов, 5 противотанковых орудий, захвачено в плен 120 офицеров и солдат, 3 обоза боеприпасов и продовольствия.
Фастов – крупный транспортный узел, поэтому за него шли особенно ожесточенные бои. 8 ноября противник атаковал яростно: на 15 советских танков было направлено 40 немецких танковых орудий. Несмотря на численное превосходство противника, рота под командованием Фофанова героически выстояла: было уничтожено 10 бронетранспортеров и 28 вражеских танков. Непосредственно экипажем старшего лейтенанта было уничтожено 5 противотанковых орудий и 4 пулемета, захвачено 3 зенитных установки, несколько единиц автотранспорта, танк Т-6, 25 фашистских солдат.
За умелое командование ротой и мужество в 1944 г. Алексей Иванович Фофанов был удостоен звания Героя Советского Союза.
За войну Фофанов был 5 раз серьезно ранен. День Победы он встречал на больничной койке, где проходил лечение после последнего ранения. По окончании войны Алексей Иванович обучался в петрозаводской партийной школе. Окончив ее, поступил на государственную службу в органы МВД и госбезопасности Карело-Финской ССР. В 1958 г. он переехал на постоянное место жительство в столицу Украины. В 1960 ушел на заслуженный отдых со службы в звании майора. Алексей Фофанов дожил до 71 года. Его похоронили в 1986 г. на киевском Лесном кладбище.
Как дань памяти и уважения в петрозаводской монументальной галерее героев размещен его портрет. В Фастове, в освобождение которого рота Фофанова внесла значительный вклад, в честь Алексея Ивановича названа городская улица.